Program zaštite voda utemeljen je početkom 2004. godine jer se veliki dio projekata i aktivnosti Zelene akcije bavio problemom zaštite voda i vodenih ekosustava, pa su sve te aktivnosti stavljene pod jedan novi program.
Povodom nedavnih ujezeravanja vrtača, oranica i šuma na području mjesta Špehari kod Bosiljeva, iako HEP izjavljuje da to nije u suprotnosti s projektnim predviđanjama, mišljenja smo da je ta pojava izravno vezana uz punjenje akumulacije HE Lešće, te da ju HEPovci nisu mogli predvidjeti.
Na javnoj tribini s mještanima Kosinjske doline čule su se oštre izjave protiv gradnje HE Kosinj i preseljelja ljudi iz njihovih domova. Zahtjeva se hitno pristupanje nadležnih institucija rješavanju životnih problema stanovnika Kosinjske doline.
Vlada Republike Hrvatske je početkom travnja 2010. donijela Zaključak o utvrđivanju prioriteta izgradnje elektroenergetskih građevina, među kojima su se našli već odavno planirani projekti kao HE Kosinj, a i neki naoko novi, HE Molve 1 i 2.
U svijetlu svjetskih rasprava oko klimatskih promjena i kako pravovremeno i učinkovito odgovoriti na njih, manje je poznato vrlo jednostavno i često vrlo jeftino rješenje smanjenja učinaka klimatskih promjena.
Barč, Mađarska 17 rujna 2009 – Vlade Hrvatske i Mađarske su danas potpisale zajedničku izjavu o uspostavi hrvatsko-mađarskog prekograničnog Rezervata biosfere Mura - Drava – Dunav koji će zaštititi zajedničku biološku raznolikost duž ove tri rijeke. Ovo utvrđuje put za osnivanjem najvećeg zaštićenog riječnog područja u Europi.
Europska komisija dala je novo stručno mišljenje o postojećem upravljanju rijekom Dravom. Zaključak studije je da je planirana regulacija donjeg toka rijeke Drave u dužini od 56 km u blizini Osijeka, koju je odobrilo Ministarstvo regionalnog razvoja, šumarstva i vodnog gospodarstva, zastarjela i nije u skladu s međunarodnim standardima i zakonodavstvom Europske unije.
Osijek, 24. lipanj 2009. – Novi plan za regulaciju rijeke Drave uz potporu Ministarstva regionalnog razvoja, šumarstva i vodnoga gospodarstva namjerava kanalizirati 56 km jedinstvenog prirodnog toka ove rijeke. Hrvatske i međunarodne nevladine udruge poput Svjetskog fonda za okoliš (WWF-a), Zelenog Osijeka, Zelene akcije i Hrvatskog društva za zaštitu ptica i prirode danas u Osijeku protiv najavljenog plana najavljuju prosvjed.
U okviru projekta zaštite i održivog upravljanja prirodnim resursima u graničnom području Hrvatske i Bosne i Hercegovine i Dana zaštite okoliša, Zelena akcija je od 05. do 07. lipnja u Glini održala radionicu samoizgradnje solarnih kolektora na kojoj su sudjelovali zainteresirani građani.
Prema našim saznanjima postoje barem dvije verzije Prijedloga zakona o vodama, a vjerojatno ih ima i više. Naime, osim Prijedloga koji je upućen u saborsku proceduru, postoji i jedna verzija koja je navodno potpuno usklađena s propisima EU (Okvirnom direktivom o vodama), a koja zbog interesa i pritiska Hrvatskih voda nije bila upućena Vladi RH, već je u posljednji trenutak ista zamijenjena puno lošijom verzijom Prijedloga.
Zelena akcija organizira dvije radionice samogradnje solarnih kolektora nakon kojih će se solarni sustav donirati Srednjoj školi Petrinja. Radionice i donacija sustava dio su projekta "Promocija zaštite pograničnih rijeka i održiva uporaba resursa u graničnom području Hrvatske i BiH" financiranog kroz program CARDS 2004.
Vode, rijeke i jezera, pod stalnim su pritiskom raznih gospodarskih projekata i planova što eksploatacije sedimenta, reguliranja vodotoka, gradnja pregrada i brana, autocesta, mostova, unaprijeđenje plovnog puta – niz je dugačak.
27.02.2009. u Glini održana je višedionička radionica o upravljanju i zaštiti rijeke Gline u pozitivnom ozračju i planovima za uspješnu prekograničnu suradnju na očuvanju rijeke.
Slijedom najnovijih i opetovanih planova iskapanja šljunka i pijeska iz rijeka Drave i Mure, kao i prijedloga novog Zakona o vodama kojim se olakšava daljnje iskapanje...
Glavina Donja, Imotski – Mala rijeka sa šest općina i dvije države u svom području treba hitnu akciju i hitne dogovore dviju država oko rješavanja trenutnih problema.
U Srbu je danas Zelena akcija, u suradnji s lokalnom udrugom «Una» iz Srba, predstavila javnosti opsežan nacrt Akcijskog plana zaštite gornjeg toka Une te pozvala sve zainteresirane na komentiranje nacrta.
30.10.2008., Zagreb, Virovitica, Koprivnica, Donja Dubrava, Osijek – Rijeka Drava i Mura opet su pod udarom Hrvatskih voda radi iskopavanja šljunka, a sve pod okriljem obrane od poplava.
Trilj, Zagreb, 17.10.2008.- Usuglašena je zajednička vizija očuvanja i održivog korištenja vodnog područja rijeke Cetine na višedioničkoj radionici u Trilju.?!
Nakon višegodišnjeg pritiska na Ministarstvo zaštite okoliša, prostornog uređenja i graditeljstva konačno je poništena Studija procjene utjecaja na okoliš za hidroelektranu Kosinj iz 1988. godine.